有關媒體報導台北花市二名市場人員確診新冠肺炎一案，台北花卉公司經查確診人員並非市場承銷人或花卉公司員工，均係在市場協助業者之人員，其中一名為搬貨人員，5月18日因快篩結果為陽性，故即未到市場工作；另一名為市場攤位業者之幫工，亦因快篩結果為陽性，故自5月23日起即未再到市場工作，二人目前皆隔離中。台北花市前於5月20、23日進行全場消毒，獲悉後於5月24、25日再次進行全場消毒，並預計於5月26日休市日再度進行清消。
臺北市市場處表示，為因應新冠肺炎疫情，台北花市已擴大消毒規模及增加頻率。台北花卉公司為因應疫情升溫及近期交易量銳減已減少批發市場交易日數，本週於星期三(5/26)、星期六(5/29)、星期日(5/30)休市，並縮短零批場營業時間，由上午4時至12時縮短至上午4時至10時，以減少群聚及降低感染風險。市場處並已要求台北花卉公司落實入場實聯制、場內全程配戴口罩、酒精消毒與測量體溫、拍賣室設置隔板採梅花座等措施，並派員加強於市場內巡查防疫措施落實情形。