臺北市政府衛生局於109年4月29日接獲基隆市衛生局通報，基隆市立中山高中師生716人於109年4月28日中午食用臺北市團膳業者供應之學校午餐後，共計學生251人及教職員工10人陸續出現腹痛、腹瀉等症狀，經基隆市衛生局採檢6名學生糞便檢體送衛生福利部疾病管制署檢驗，共計3名學生檢出金黃色葡萄球菌腸毒素B型，另基隆市衛生局同步抽驗該校留樣食品檢體，檢出微量金黃色葡萄球菌。綜合本次人體及食品檢驗結果、學生攝食狀況調查，經跨縣市聯合調查結果，判定為食品中毒案件，依違反食品安全衛生管理法進行裁罰。
針對案件疑義臺北市衛生局說明如下：
一、人體檢體採檢流程，經衛生福利部疾病管制署解釋，該署訂定之「傳染病檢體採檢手冊」係供醫療院所及公衛機關採檢人體檢體送驗依循之通則，以確保後續檢驗品質，並非拒收檢驗準則，倘採檢時間逾越建議內容，仍會檢驗並提供檢驗結果，後續仍需視患者臨床表現及流病調查進行評估。
二、經基隆市衛生局調查，3名檢出金黃色葡萄球菌腸毒素B型之學生，自攝食當日到發病日間(包含課後)皆未再有攝食相同食品，且本次採檢6名學生檢驗霍亂、沙門氏菌、桿菌性痢疾、金黃色葡萄球菌、腸炎弧菌、腸道出血性大腸桿菌感染症、仙人掌桿菌、輪狀病毒、諾羅病毒等，除3名學生檢出金黃色葡萄球菌腸毒素B型，其餘檢驗結果皆為陰性。
三、依據《學校餐廳廚房員生消費合作社衛生管理辦法》規定，學校提供之盒餐，應保留盒餐樣本至少一份，置於攝氏7度以下，冷藏保存48小時始可丟棄，以利發生食品中毒案件時進行查核，並非檢體不得採檢之限期。經基隆市衛生局採樣之留樣餐盒檢出金黃色葡萄球菌，顯示餐點於攝食前已遭到污染。
依據衛生福利部食品藥物管理署公告之「食品中毒病因物質及原因食品判明標準」，以及食品中毒定義「2人或2人以上攝取相同的食品而發生相似的症狀，稱為1件食品中毒案件。」本案自2名以上病患之臨床檢體中分離出相同之金黃色葡萄球菌菌株，且自可疑食物檢體中亦分離出金黃色葡萄球菌，判定為細菌性食品中毒案件，針對本次判決結果，衛生局將於時限內依法進行上訴。同步呼籲學校或家長如發生疑似食品中毒事件，應於第一時間通報，並集中至醫院就醫，以利醫師判別是否為疑似食品中毒案件通報衛生單位調查，並協助採樣。