因應國內已出現首例境外移入嚴重特殊傳染性肺炎個案確診，臺北市政府衛生局已將疫情應變指揮系統提升至府層級，邀集市府各相關局處於109年1月22日召開「因應2019新型冠狀病毒疫情小組會議」應變會議，強化各局處合作應變整備，以有效防堵疫情。
臺北市政府衛生局表示，已要求各醫療院所落實整備工作、盤點醫療院所防疫物資，維持安全儲備量，並循嚴重特殊傳染性肺炎通報處置流程，及落實醫療照護工作人員使用適當的個人防護裝備與急、門診TOCC【旅遊史(Travel)、職業史(Occupation)、接觸史(Contact)及群聚史(Cluster)】問診。
跨局處各單位並已動員並透過現行宣導通路(如跑馬燈、電子看板及海報等)積極向市民宣導，後續並視疫情監測狀況，提升各項防疫作為。
臺北市衛生局提醒，為避免嚴重特殊傳染性肺炎確診個案持續增加，民眾如自武漢及其鄰近區域返國，入境時，如出現發燒、咳嗽、呼吸急促等症狀，無論是否服用退燒藥、止咳藥，必須主動通報機場或港口檢疫人員，接受健康評估；返國14日內出現有發燒、呼吸道症狀時，請撥打衛生局02-23753782防疫專線，應配戴口罩儘速就醫，避免搭乘大眾交通工具，並主動告知醫師旅遊史及接觸史。